En principio da lo mismo.
En general, uno mas grande tendra menor ESR y mayor tension de aislacion
De 2200nF, por ejemplo, te podes encontrar que en 0603 tendra una aislacion max. de 16V y en 0805, de 35V.
Si queres hilar fino, no se termina ahi. Entra en juego la estabilidad termica del capacitor (X7R, Y5R, etc.), y otras caracteristicas: temperatura de trabajo, respuesta en frecuencia, etc.