Depende de las referencias que utilices. Los pic tienen dos posibilidades diferentes; usar solamente referencia de tensión positivas, y como refencia negativa se usa la propia del pic; o usar una tensión de referencia positiva y una tensión de referencia negativa.
Al usar la referencia, lo único que cambia es la resolución del ADC. Si no se utiliza una referencia, es decir, los límites son 5V y 0V, la resolución del ADC es de 19,6mV, en caso de usar 8 bits, o de 4,88mV en caso de usar 10 bits; lo que significa, que cada punto del ADC vale 19,6mV o 4,88mV respectivamente.
Esto se obtiene de la siguiente ecuación:
ADC = (Vref+ - Vref-) / 255 -> Para 8 bits
ADC = (Vref+ - Vref-) / 1023 -> Para 10 bits.
En cuanto a la tensión que ingresa al puerto, DEBE estar comprendida entre las referencias.
Si Vref+ = 5V y Vref- = 0V, entonces la tensión aplicada en el pin análogo tiene que estar entre 0V y 5V (midiendola con respecto a Vref-).
Si Vref+ = 2,5V y Vref- = 0V, entonces la tensión aplicada en el pin análogo tiene que estar entre 0V y 2,5V (midiendola con respecto a Vref-).
Con respecto a tu pregunta; si usas una referencia de 2,5V positiva y tomas la masa del circuito como referencia negativa, lo único que tenes que hacer es que a máxima escala en la entrada del pin del ADC haya 2,5V. Con el tema de la ganancia no sabría decirte, dado que estoy estudiando, y de momento sé más de programación y sistemas embebidos que de electrónica en sí.