Hola
Bueno ., voy a tratar de contarte mi experiencia personal con los atmegas
Si vamos al caso del arduino., yo uso un sitema similar
El ardunino trae su programador en placa (usb) ., yo utilizo un grabador serial (NO usb) usan una plataforma de programacion (compilador) exclusiva y desarrollada para arduino ., y yo uso el atmelstudio (compilador de ATMEL)
Yo programo (o grabo) de la misma manera ., que lo hace el arduino (SPI) uso serial y con PONY-PROG
Mi placa base tiene (como lo explicaron mas arriba ) el uC ., cristal ., (y en mi caso ., interfaz UART RS485) ., regulador de voltaje 5v y nada mas
Yo uso micros de 40 pines., pero eso no quiere desir ., que no pueda grabar o programar otros micros Atmega 8 ., atmega 88 .,atmega 328 ., y atmega 48 son compatibles pin a pin (hay otros mas) solo cambian las prestaciones ., de cada uno en particular
La ventaja de programar en atmelstudio ., es que el codigo podes migrarlo a cualquiera de sus otros micros ( teniendo claro ciertas prestaciones)
Como yo ., voy variando los montajes de acuerdo a los usos ., los micros SMD ., los sueldo en adaptadores de 64 o 100 pines (a dual en line)
De esa manera ., el mismo micro lo uso en varias placas ., despues de borrar y grabar las nuevas funciones ( entradas o salidas)
Esa es una ventaja ., que no se tiene con arduino., porque lo uC SMD., no se pueden sacar de la placa (algo que estaria muy bueno ., si se pudiera )