Efectivamente como menciona nuestro compañero anterior se debe a un problema de los pines rx y tx, solo quisiera agregar que el capacitor no lo coloque en RST y GND, en mi caso hice lo siguiente:
0. Reiniciar el arduino y conectar denuevo la tarjeta.
1. desconecte todos los pines dejando al arduino desnudo más que solo el cable usb de datos.
2. Agregue un capacitor de 22uF en las patitias de VIN y GND.
3. cambie el metodo de comunicación de AVRISP II a USBtinyISP
4. cambie el puerto que tenía en panel de control>administrador de dispositivos>puertos>usb serial port el cual tenía COM5 lo cambie a otro (en este caso COM10).
5. Seleccione el puerto COM10 en ARDUINO, HERRAMIENTAS>PUERTO SERIAL>COM10
6. Cargue mi programa y Listo.
Cabe mencionar que carezco de linux, yo utilizo una notebook con windows 7 SP1.
Yo tenía el mismo problema puesto que utilizaba mi arduino nano ATmega328 para comunicación con RF.
Espero les ayude mi aportación, saludos.