Algunos PIC suelen hacer eso cuando se dañan. Son reconocidos y se pueden leer, pero no se graban.
¿Ya probaste con otro PIC diferente o con otro igual?
Entonces no puedes suponer que el problema sea del PICkit2 hasta que pruebes con otro PIC.
Obviamente no tiene que ser otro PIC18F4550, si puede grabar otro tipo, el problema es el PIC.
Es más barato comprar cualquier otro PIC para probar, que armar o comprar otro PICkit2, que aparte ya es muy obsoleto.
Como similares tienes a los PIC18F2455/2550/4455
Aunque por probar, cualquier otro sirve.
Si el PIC18F4550 no fuera soportado por el PICkit2 ya sería de dudar, pero claro que lo soporta.
Es un clásico y varios programadores lo pueden programar por ICSP.
No lo creo, es más fácil que tenga problemas con otros PIC más nuevos que con el 18F4550
El soporte para el PIC18F4550 fue agregado por ahí del 2005, si no es que antes.