hola
pues is deseas hacerlo en asembler, es sencillo, solo creas un archivo de texto con la extension .asm y lo agregas como fuente en el proteus, o simplemente lo creas al adicionarlo,,,, en source, add/remove source files y alli indicas en que deseas trabajar si es en pic de microchip puedes utilizar mpasm, lo mejor es que guardes el archivo en el mismo lugar donde guardaste el archivo de proteus, para que no te genere conflictos de ruta...
pero, pues te recomendaria trabajar con mplab, el ide suministrado por microchip, con el cual puedes realizar un mejor seguimiento, enlazarlo con proteus, para trabajar todo alli mismo, y ademas si trabajas en c, existe un plugin de ccs para compiar de alli y todo en uno,,,
saludos...