Si te molesta el ruido audible subí la frecuencia de PWM, con 20 KHz (el oído humano escucha hasta 15..20 KHz máximo) o más no debiera haber problema.
Claro, hay que ver si tu puente H/excitador/circuito en general responde bien a esa frecuencia. Y si es ruido del motor en sí, bueno, una buena limpieza le vendría bien...
Saludos