Es muy comun eso que te sucede, Win tiende a estropear la FAT si se desconectan mal.
Es un mandamiento biblico, si usas "cosas USB" mas tarde o mas temprano se perderan los datos.
Y bueno, es algo que dije antes, a mi me paso algo similar, donde por inexperiencia perdí la data de todo un disco rígido (al menos el disco lo recupere), pero como era uno de las tres copias de seguridad de la data de importancia, tras haber recuperado el disco rígido volví a grabar en el la data que son años y años de trabajos. Fue un disgusto, pero no tan grande.
En definitiva:
1) No hacer copias de seguridad y tener todo en una misma PC es una tremenda irresponsabilidad, pasa algo y te llevas las manos a la cabeza y/o más abajo y por detrás XD (lo he visto varias veces, como un caso que tuvieron que salir corriendo que por lo que me contaron, los platos del disco no hacían contacto al girar)
2) Hacer copias de seguridad pero solo tenerlas en un solo dispositivo es más seguro, pero sigues tentando la suerte. Incluso paso con un dispositivo que hace las copias de forma automática, que no estaba andando en condiciones en una vez, paso algo desagradable con la PC y por no haberlo chequeado antes, Sorpresa y 1/2.
A ver, pasa con los archivos físicos, es mucho mejor que haya más de una copia de determinados documentos importantes que una sola copia de cada uno.
Se pueden hacer hasta copias online, solo cargas el documento en tu correo electrónico, lo reenvias a ti mismo y listo.
En definitiva, más vale prevenir que curar.