Yo si que le veo mucho sentido.
Será alterna para evitar acumulaciones por electrólisis en ese medio salado. Me imagino que para medir la salinidad en si.
Será cuadrada para medir en el tramo "plano" de la onda con un ADC y no tener que hacer conversiones y aproximaciones de raíz de dos etc y evitando en lo posible efectos inductivos y capacitivos del circuito
Yo haría un driver desde uno de los pines del microcontrolador que solo actúen cuando quieras medir y no el resto del tiempo; la mejor forma de evitar electrólisis es quitar la 'electro~'
Pensándolo bien creo que no hace falta que esa alterna de origen, con usar un puente H en los electrodos que un rato uno sea positivo respecto al otro y el otro lado sea negativo respecto al otro hará la función y te ahorrarás tener que montar una fuente simétrica en el origen. Además muchos integrados de puente H ya llevan un shunt para medir la corriente, así que 2x1.