Saludos Foox,
bueno la diferencia real radica en la propiedades luminicas de estos led! que si mayor intensidad de colores (por ende mas consumo) Etc, ahora depende de lo que quieras hacer escoges el que mas se adecue q tu proposito; en cuanto a funcionamiento debes tener en cuenta q si utilzas de 5mm de 2 y 4 patas si queres controlar la matriz debes usar de 4 patas, ya que las de 2 patas cambian automaticamente! es decir en forma secuencial 3 colores diferentes ROJO-VERDE-AZUL. y con los de 4 patas pues tienes una gama mucho mas amplia de colores!
PD: yo trabajo en un proyecto parecido y por cuestiones de cableado y de facilidad a la hora de soldar y yo no se que! prefiero el piraña.
espero haber ayudado exito!