Si que se transmiten el problema esta en la atenuacon segun la longitud de onda. Los submarinos utilizan ondas de muy baja frecuencia (VLF7) del orden de <30khz.
Eso les limita mucho en la transmision de datos (muy poco ancho de banda) por eso utilizan ademas otros sistemas mediante flotadores para sacar antenas a la superficie.
No se hace ningun cortocircuito, recuerda que es una onda electromagnetica y por tanto tiene dos componentes electrica y magnetica.
En teoria deberias reciclar una radio de AM y bajar todo lo posible la frecuencia resistonizando el sistema o utilizar circuitos como los relojes radiocontrolados tipo DCF77 mira en este foro.
Si es por pequeñas distancias el sistema de ultrasonidos parace totalmente factible y puede que te sea mas facil de construir ademas puedes reutilizar los sensores para mas aplicaciones como medir profundidad, densidad.....