Las compuertas están formadas por transistores. Simplemente, los transistores se agrupan en compuertas por comodidad en el diseño y análisis del diagrama lógico.
Desde mi punto de vista ninguna es mejor que la otra, una sin la otra son obsoletas, con la digital no vas a conseguir nunca la potencia que con la analogica y con la analoica no vas a conseguir nunca un procesamiento de datos como con la digital.
De hecho las computadoras analógicas pueden ser mas potentes que las digitales y resolver problemas que una digital no puede. Su problema, es que son computadoras de proposito especifico, es donde las digitales ganan debido a su gran flexibilidad para ejecutar un amplio rango de tareas.