Todo dependera del programa que uses para controlar tu cnc. Muchos comerciales aceptan G-Code, podrias googlear por algun programa que transforme gerber a g-code.
En mi caso, me hice mi cnc con un software propio al cual le hice su propio interprete de gerber. El formato es sencillisimo. Creo recordar que G-Code no era tan dificil. Antes que nada deberias dar mas datos, especialmente que soft controla a tu cnc.