bueno microsistel, vamos por partes en lo que mi corta experiencia te puede decir. Todo lo que voy a decir es empirico ya que no soy ingenierio ni tengo base matematica para lo que hice.
De la fuente en la pagina que vos publicas saque muchas ideas para la realizacion de la mia que postee al principio aqui. Tambien de la de luciperro de este foro que usa un SG.
Las salidas de los reguladores, al menos del TL494 si bien excitan los mosfets no les dan una subida y corte definido y neto, haciendo que los mismos no conduzcan todo lo bien que deberian y por ahi empeza a buscar temas de temperatura.
Tambien deberias fijarte con osciloscopio si estas teniendo un "dead-time" correcto, o sea, un momento breve en donde ninguno de los mosfets de las 2 ramas conduce.
Personalmente varios mosfets me "explotaron" (casi literalmente) en la cara durante algunas pruebas. En la misma fuente de pruebas, al cambiar el transformador por alguno mejor bobinado andaba todo bien. ¿Mi explicacion? el transformador cuando no esta bien bobinado tira voltajes excesivamente altos de vuelta a los mosfets (fenomeno conocido como Back-EMF) y asumo que esta era la causa.
Fijate en la pagina:
http://www.diysubwoofer.comze.com en donde explico paso a paso (con texto, no tenia fotos) como arme mi transformador.
Tambien 8+8 en secundario me parece muy poco aunque quieras solo 24 volts, mejor algunos volts mas para que deficiencias de amperaje se suplanten con caida de voltaje, despues el regulador mantiene la salida estable.
4+4 en primario esta bien segun mis pruebas, pero en mi diseño final aumente a 6+6 para darle un poquito mas de resistencia y uH al primario.
Sobre la pregunta de reguladores, no trabaje con SG simplemente porque tenia TL494. El SG es mas "moderno" que el 494 pero en escencia deben ser lo mismo, habria que leer los datasheet de ambos concienzudamente.
Que la fuente te funcione bien en vacio y mal con carga, me paso cuando los cables que volvian de la salida al opto de corte no estaban mallados. Si tu fuente tiene realimentacion fijate que la misma este o bien mallada, o bien lejos del transformador y lineas de frecuencia. No me explico porque ya que es un LED pero se ve que se induce mucho ahi.
Para asegurarte de bobinar en fase, podes bobinar los 2 secundarios juntos (a la vez y paralelos) y lo mismo con los 2 primarios, dando las vueltas en el mismo sentido que el secundario. (si tenes transformador partido).
Finalmente, mi fuente con el transformador que muestro en la pagina mencionada mas arriba, logre sacarle 42V 5A por rama (210W). Nunca en ambas ramas a la vez, si hago eso son 2,5 A en cada una... o sea, tengo 210W en TOTAL. No recuerdo ahora pero el toroidal tiene aprox. 1,5x1,5 de seccion y es de unos 5cm de diametro.
Tambien probe con transformador principal de fuente de PC con resultados muy parecidos, pero dificil de bobinar para meterle todo el alambre que ponia.
Te recomiendo alambres finos enroscados estilo "litz" en secundario al menos, de esa forma aprovechas mas cada miliamper que induzca el primario ya que eso tiene en cuenta el efecto "skin" a altas frecuencias en alambres de cobre (a altas frecuencias solo se usa una porcion del cable, digamos que la induccion no "penetra" en todo el alambre) entonces, al ser mas fino, se aprovecha mas. Como dato te digo que un alambre de 1mm a aprox. 50Khz se comportaria como un alambre de 0,54mm
Como sos de Cordoba, igual que yo... te digo que los venden en Celsius, ahi en la calle La Rioja. y Tambien vi las potencias que mencionas con acrilico pero no observe el detalle del transformador.