La de los contadores es precisamente para ahorrar pulsos; se supone que lo que quiere es un buffer fifo o algo así. Para ello quizás le venga bien un contador y un descontador.
Muchas gracias a todos por sus sugerencias. Finalmente compré una memoria 62256 y los integrados 74HC164 y 74HC165 para implementar lo que les comentaba, ya programé el ATmega16 y me faltaría probarlo, cualquier cosa les comento.
Acá estoy implementando lo que estuvimos hablando y me surgen dos dudas que me gustaría saber si estoy equivocada:
1 - Para conectar las señales de clock de los integrados 74HC164 y el 74HC165 desde SCK del microcontrolador necesitaría un separador entre el pin del ATmega16 y cada señal de clock.
2 - A la hora de leer la memoria, primero se escribe la parte alta y baja de la dirección de memoria a leer y después se lee.