La bateria es nueva deseche la de litio por si era eso pero sigue igual
Revisando el circuito que subió Kawacuba, Q6 prende siempre los SCR salvo que Q5 este encendido lo cual inhabilita lo anterior. Para que esto pase la tensión de batería debe ser igual o superior a los 13.4V aproximadamente.
La función de los SCR es dejar pasar un ciclo completo -salvo que Q6 se lo impida- hacia la batería. Los SCR no pueden "cortar", una vez encendido, por lo que el pico de la semi-onda será lo que genere el alternador la que depende de las RPM, entre otras cosas. Una vez la batería se encuentra cargada el circuito "desconecta" el alternador de la batería dejando pasar alguna que otra semi-onda.
Si la batería se desconecta la tensión se dispara. Este circuito dejaría pasar toda la tensión del alternador -alterna rectificada-.
Revisa minuciosamente que lo tengas masas desconectadas/rotas/sucias/sulfatadas en especial la/lass que salen desde el negativo de la batería. También revisa la conexión de la masa del regulador que has hecho.
con el regulador original carga perfectamente por lo que el alternador debe estar bien...
Ojo con esas afirmaciones. Son las que te hacen perder días buscando fallas raras solo por descartar una cosa sin medirla o revisarla por suposiciones.
Mide también que no haya continuidad desde los dos cables que salen de alternador con el cuadro de la moto -masa-. Incluso sospechar si es de unos cuantos KOhms.