Cambiaste la etapa de potencia y persiste la misma falla, por descarte no estaba allí el problema, ese allazgo ya lo tenés claro.
Algunos pensamientos laterales:
Lo primero, si la distorsión es muy sutil
Desde Cero, Algunas ideas
Revisar parlantes, ya que lleva dos, que no esten decentrados los conos, y a bajo volumen suelen distorsionar (ya se que es obvio)
Soldaduras de los mismos
¿El filtrado de la Fuente esta bien?, revisaste diodos y capacitores etc.
Algo muy importante que las impedancias sean las correctas entre etapas, ya que mencionaste que probaste el preamplificador en otro equipo y funcionaba, pero la impedancia entre etapas, y mas en amplis de instrumentos es muy importante.
¿Lo estas probando con señal de audio o con la guitarra directamente?
¿que nivel de distorsion te da, tenes osciloscopio?, si no tenes y sos musico, ¿podes definirla?
¿como un leve, drive un fuzz, un crunch, o directamente es ruido tipo parasitario?
Saludos!