Hola.
Primero decirte que los 1N4007 no son adecuados. Son diodos diseñados para frecuencias de 50hz y 60hz y no para Khz. Con ellos, no aprovecharás toda la energia que te entregue el inversor. Aunque hay gente que esto no lo sabe y los pone en sus esquemas. Por eso te recomendé los BA159. Se usan en fuentes conmutadas.
Segundo, ¿sabes como funciona un doblador de tension?
Ten en cuenta que lo que hace es doblar la tension, pero reduce a la mitad la intensidad. Osea la capacidad total de los condensadores. Es decir, si tu pones dos de 220nF 400V, el resultado sera como si tuvieses uno de 110nF 800V. Asi que será un pulso de mayor tension, pero con la mitad de intensidad.
Si necesitas mantener la intensidad del pulso con un doblador de tension, deberas de poner condensadores del doble de la capacidad que tenias en una configuracion simple.
Porque si se reduce la longitud de la chispa, usando el doble de la tensión que usabas antes, es porque es flyback necesita mas intensidad en el pulso de entrada.
Saludos.