hola mira no se cual es tu caso pero yo programo con PCWHD y este me genera el .hex
ahora el hexadecimal lo escribo o quemo con un programa que es solo para el pickit 3 y me funciona hasta en windows 8.1
Ver el archivo adjunto 107621
cuando abras el pickit 3 programmer debes verificar la coneccion con el pickit 3 y la pc.
arriba en la pestaña tools/check comunication.
( no se si te hace falta download de operation system)
cuano hagas esto si tiene s bien conectado apreta read y te va a decir que reconocio el pic
si no, seleccionalo manual o verifica la coneccion.
personalmente no se si sera verdad. no marco nungun tiquet de VDD PICkit 3
la VDD ON marcada te entrega por el picki3 ,el numero que se encuentra al lado de on es el voltaje que saldra por el pickit3 por el pin 2(derecha a izquierda y se encuentra marcado el pin 1 )
puedes ocupar el auto import hex + write device ( yo ocupe ese)
o arriba en file importar y despues write.
con todo eso ya deberias poder grabar el programa sin ningun problema.
aqui abajo te dejo el archivo si te sirve...
http://www.filefactory.com/file/35zp5ugupuxj/PICkit%203%20Scripting.rar
la pagina de pickit 3 en microchip.
abajo estan los pdf de las conecciones como deben ser.
http://www.microchip.com/Developmenttools/ProductDetails.aspx?PartNO=PG164130#dtDocumentation
suerte...