Hola gonpa,
Te aclaro unas dudas con respecto a la programación por ISP: Los microcontroladores AVR de Atmel permiten programación serial por su interfaz SPI (con contadas excepciones), pero debes tener en cuenta algo: la frecuencia máxima de programación a través de la interfaz SPI depende de la frecuencia a la que esté funcionando el microcontrolador. Si lees con cuidado la hoja de datos del microcontrolador, verás que la frecuencia máxima de programación es 1/4 de la frecuencia del cristal, en algunos rangos de frecuencia puede ser hasta 1/6. Dicho de otra forma, si tienes funcionando el microcontrolador con un cristal de 8 MHz, la máxima frecuencia de programación será de 2MHz.
Con respecto a la recomendación de Moyano Jonathan, de programar primero el microcontrolador sin cristal y luego colocárselo, nunca he tenido esa necesidad, mis montajes los he realizado con cristal incluído y luego programo los Fusebits para que el micro utilice ese cristal. Supongo que Moyano habla desde su experiencia, porque no recuerdo haber visto esa recomendación en la hoja de datos. En mi experiencia, te puedo decir que no he tenido necesidad de realizar ese proceso.
Ahora, con respecto a las herramientas de desarrollo que mencionas, el AVRISP mkII es también un programador ISP, no creo que las cosas vayan a cambiar mucho, pero pues tienes la ventaja de que es la herramienta original del fabricante. El JTAGICE mkII es otro cuento, es una excelente herramienta no solo para programación sino también para depuración. Si tienes el dinero para comprarlo, adelante! No te arrepentirás. Eso sí, con esta herramienta programarías por el puerto JTAG del microcontrolador.
Por último, no te desanimes con los AVR de Atmel, son de lejos una de las mejores familias de microcontroladores de 8 bits. Ni me pongo a compararte la arquitectura de éstos con otras marcas conocidas como los HCS08 de Freescale o los PIC16 o 18. Creo que tienes que ponerte a estudiar más para aprenderlos a manejar y familiarizarte con las herramientas de desarrollo, haz un esfuerzo y verás que vale la pena.