Dandany el inconveniente que yo veo es el siguiente:
El limitador de RPM o "Corte" , corta (en el auto) el negativo de la bobina,
En un encendido de múltiples bobinas al pulsar el botón del corte se interrumpe la señal del borne "-", Pero cuando el pulsador no esta accionado tendrias un puente entre los 4 bornes "-"
Al aber un puente cuando tu CDI mande la señal a cada bobina estaría mandándola a las 4 debido a ese puente me entiendes???Te adjunto una imagen por las dudas
Teniendo una sola bobina es indistinto pues las chispas de alta tencion son llevadas a cada cilindro por el distribuidor.
Son muchos los tipos de encendido para 4 tiempos,lo ideal es que identifiques exactamente el tuyo.Al cer a inyenccion podes tener este con CDI o manejado por el ECU o cualquier otro.
En la imagen que te hice te pongo uno con CDI.
Si este es tu caso mi solución seria poner a la salida del relay del corte un relay que aísle 4 lineas.Seria como tener un relay de corte para cuatro bobinas.
Te adjunto la imagen de uno antiguo pero sirve para ejemplo,Hoy en dia hay muchos que son mas pequeños pero no se ve el interior.Si no me equivoco ya hay integrados que realizan el mismo trabajo,
Bueno si no se entendió o alguien ve un error u otra solución que lo postee.
Saludos,Espero que te sirva.