La seleccion de frecuencia de operacion en un micro se basa en varios factores:
Consumo de energia: A mayor frecuencia de operacion, el micro gastara mas energia lo cual agotara las baterias mas rapido
Ruido Eléctrico: A mayor frecuencia, habrá mas transitorios, lo cual afecta en la toma de mediciones analógicas, algunos micros incluso traen fuentes de alimentación dobles y funciones de apagado mientras se realizan conversiones Analógico a Digital
Tiempos Exactos: Dependiendo de la aplicacion se prefieren usar cristales mas lentos pero con frecuencias multiplos de algun valor, lo que permite crear interrupciones de tiempo mucho mas exactas. Por ejemplo para generar tiempo de reloj se pueden usar cristales de 4.096MHz, para video se pueden usar cristales de 3.579545MHz (frecuencia de la subportadora de color NTSC), o para transmisiones seriales un cristal de 4.9152MHz
http://en.wikipedia.org/wiki/Crystal_oscillator_frequencies
Complejidad en los calculos: A mayor frecuencia, se pueden realizar mas calculos y mucho mas complejos en menos tiempo, si la aplicacion requiere muchas matematicas siempre es preferible ir a la frecuencia maxima
Si tu aplicacion es un reloj te recomiendo un cristal mutiplo de 2, por ejemplo 4.096, 8.192, o 16.384 MHz