Nicolás, estuve revisando unas páginas atrás y leyendo tus comentarios pero todavía no me queda claro cuál es el ruido que hace, no sé si es una distorsión o un corte de sonido...
Te puedo dar dos sugerencias:
1) Que pruebes con otra fuente de alimentación, distinta a la que estás usando ahora. Probablemente tenés un problema de rectificación, aunque es muy raro... pero puede que algún diodo del puente esté en mal estado. Si la tensión a la salida de la fuente no es directa (es decir DC), es muy probable que el amplificador se comporte de cualquier manera y hasta podrías llegar a estropear los integrados.
2) Que reemplaces nuevamente los dos chips. Guardá los que vas a sacar, por las dudas. Cuando tengas un tiempo los probar de a uno individualmente, y te sacás la duda si estaban estropeados o no.
Otra cosa no se me ocurre! He tenido algún par de problemas de ruidos con amplificadores de estos, pero generalmente el problema siempre estaba en la fuente, el capacitor de entrada (revisá bien eso, cambialo) o en la realimentación...
Saludos.
PS: Si vas a reemplazar los chips, sí o sí tenés que probar con otra fuente!! Desconectá la etapa de rectificado y filtrado y probá con otra fuente (con el mismo transformador) porque puede que el problema esté ahí.
Otra sugerencia, no menos importante... Me parece que no fue buena tu elección de amplificador para mover ese woofer... Este ampli le queda chico, y no es lo más apropiado un "bridge" para hacer fuerza (frecuencias bajas)... Lo ideal hubiese sido que armes un TDA7294, que tiene bastante más margen y calidad que este... Todavía estás a tiempo, no sale tan caro, pensalo.