Definitivamente estoy contestando con lo que se y "entiendo", no estoy contestando un examen de historia filosofica.
Y a caso soy regañon??? solo tengo un poco de mal genio...
Bueno, la cuestion de que un atomo tenga diferentes propiedades cambiando su numero de protones/electrones, es por el spin.
Curiosamente, cada nivel u orbita, es un nivel de energía, algo asi como la energía potencial de un objeto.
Entre mas alto este, mas energía potencial tiene, igualmente, entre mas alejados esten los electrones del núcleo, contienen mas energía. Esto hace que los electrones que están mas arriba, reaccionen diferente ante las fuerzas de otro atomo vecino o energía que recibe.
Un ejemplo, cuando un electrón baja de nivel, requiere liberar esa energia potencial que tiene, y al hacerlo, libera un fotón, o es decir, luz.
Eso quiere decir, que no todos los átomos pueden emitir luz, ya que no todos los atomos tienen los mismos niveles de energía.
Es una explicación vaga, ya que la quimica nunca fue de mi agrado, pero lo que te acabo de decir no es invento mio.
Tambien está el gradiente eléctrico, que es el que responsable del fenómento del termopar y del flujo eléctrico en las baterias.
Cada átomo tiene un gradiente eléctrico diferente, y todo esto, por culpa nuevamente del spin.
Espero darte pie a seguir ampliando la respuesta.
gracias Cacho...dependiendo como vaya esto puedo soltar la "idea" de un DNA atómico...que espero si es una burrada me lo digan bonito 
